瑪納斯縣位于天山山系北坡中段，準噶爾盆地西南緣，是昌吉回族自治州最西的一個縣。縣人民政府駐地瑪納斯縣，東距新疆首府烏市126公里，距昌吉州政府所在地91公里。東與呼圖壁縣接壤，西與石河子市、沙灣縣隔瑪納斯河相鄰，南以天山分水線與和靜縣分界，北同和布克賽爾蒙古自治縣為鄰，總面積11067.6平方公里。地勢自東南向西北緩緩傾斜，地貌主要分為三大類型：南部山區與丘陵地、中部平原區、北部為古爾班通古特沙漠的一部分。主要河流有瑪納斯河、塔西河兩大水系。屬中溫帶大陸性氣候，冬季長而嚴寒，夏季短而酷熱，晝夜溫差大。
瑪納斯，蒙古語為瑪納斯郭勒。“郭勒”即河，瑪納即巡邏，斯指人，意為濱河有巡邏的人。秦漢以前瑪納斯是塞人馳騁地，公元前3世紀河西走廊月氏受匈奴侵襲，西遷至天山以北，塞人迫于南移，此地為月氏人游牧，西漢前屬姑師國地，后稱車師，屬車師部。西漢時其東為烏貪訾離國地，西為烏孫地。三國時屬烏孫；西魏為高車；北周為突厥地；隋為西突厥鐵勒部。唐寶應元年建西海縣屬西海縣管轄，隸北庭都護府，宋元屬回鶻地；明歸剌地；清初隸屬于準噶汞呼拉瑪部游牧地。清乾隆二十八年建綏來堡。
1954年2月1日改綏來縣為瑪納斯縣，隸屬烏魯木齊專員公署。1958年5月，撤銷烏魯木齊專員，隸屬于昌吉回族自治州。1967年劃歸石河子地區，1970年復劃歸昌吉回族自治州至今。
礦產資源：有煤、黃鐵、銅、銀、黃金、鉑、碧玉、冰洲石、石灰石、石英、長石、紫砂土、鹽等。初步探明，煤儲量9億噸，焦煤8592噸，黃鐵礦33.65萬噸，紫砂土60.09萬噸，鹽1萬噸，銅1000噸，砷3000噸。碧玉，在清乾隆年間就有開采，聞名全國。其黃金生產居全州之首。
生物資源：野生動物有雪豹、熊、野驢、狼、跑鹿、黃羊、野豬、野兔、狐貍、旱獺、松鼠、雪雞、鷹、班鳩、等數10種。藥用植物有210種，其中分布在山區182種，平原區189種。珠茅蓼、野蔥、水芹菜、薺菜等可作蔬菜食用；烏頭、狼毒、大戟、白頭翁等可制農藥；薔薇、白榆等可煉膠；蕁麻、冰草、獨話、柴胡、小葉薄荷可提取芳香油。歷史上，瑪納斯是西北地區三大藥材集散地之一，所產貝母為大宗，產量多，質量好，遠銷國內外。黃芪品種多，分布廣。常用及名貴藥材有甘草、大荔子、鎖陽、紅花、大云、鹿茸等。每年收購藥材約50個品種，3萬公斤左右。全縣林木品種有104種。主要有楊柳科、榆科、杉科、藜科、檉柳科、薔薇科、忍冬科等種類。
